随着磷酸氯喹在临床上的使用，医学家们研究发现它还具有阻止病毒暴露出遗传物质、干扰病毒复制，阻止病毒释放的作用，前些年把它用于SARS及MERS的治疗就是利用了它的抗病毒作用。

一是抑制冠状病毒与人体白细胞ACE2受体结合，从而抑制病毒的侵入。二是提高红细胞内PH值，从而阻断冠状病毒复制环境条件。三是具有免疫调节作用，可减少免疫病理性损害。

近期，通过几省份十余家医院联合开展关于磷酸氯喹对于新冠肺炎治疗的安全性和有效性评价，发现它无论从重症化率、退热现象，还是肺部影像好转时间、病毒核酸转阴时间和转阴率，以及缩短病程等一系列指标，进行系统地综合研判，用药组优于对照组。

2月19日，国家卫健委将磷酸氯喹纳入《新型冠状病毒肺炎治疗方案（试行第六版）》，方案中指出了磷酸氯喹的使用方法：成人500mg，每日两次，疗程不超过10天。

2月29日，国家卫健委下发通知，对磷酸氯喹的使用剂量、适用人群、禁忌症和相对禁忌症、使用过程中注意事项作了详细说明。

一是强调磷酸氯喹用于新冠肺炎治疗适用于18～65岁的患者，并根据患者体重差异化调整磷酸氯喹的用法用量。二是明确使用禁忌症和相对禁忌症。三是提出使用过程中的注意事项。明确要求做好磷酸氯喹不良反应监测和报告工作，切实保证用药安全。

3月3日，新型冠状病毒肺炎治疗方案（试行第七版）》肯定了磷酸氯喹在治疗新冠肺炎中的地位，并对它的使用方法作了细化：18-65岁成人。体重大于50公斤者每次500mg，每日两次，疗程7天；体重小于50公斤者，第一、第二天每次500mg，每日2次，第三至第七天每次500mg，每日1次。

磷酸氯喹是通过对最古老的抗疟药奎宁的结构优化改造而来的，由于它疗效好，不良反应较奎宁小而几乎取代了奎宁，广泛应用于恶性疟、间日疟及三日疟的治疗及预防性抑制疟疾发作，其特点是起效快、疗效高、作用持久，通常用药后24~48小时内临床症状消退，48~72小时血中疟原虫消失。

后来又陆续地发现了它的抗肠外阿米巴病外用及免疫抑制作用，有时候临床上用它治疗类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等病就是利用了它的免疫抑制作用。

临床上磷酸氯喹治疗疟疾病时疗程短，一般仅需三天，治疗肠外阿米巴病需要3周的中疗程，治疗类风湿性关节炎需要数周至数月的疗程。

作为一种老药，临床上对磷酸氯喹的不良反应了解得较为全面，一般出现的反应有：

头晕、头痛、眼花、食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、皮肤瘙痒、皮疹甚至剥脱性皮炎、耳鸣、烦躁，口服治疗疟疾时用药量少、疗程短、反应轻、停药多可自行消失；治疗肠外阿米巴病及用作免疫抑制剂使用时用药量大、疗程长，可能会出现较重的反应；对听力的损害导致耳聋，偶尔引起窦房结的抑制，导致心律失常、休克、严重的可出现阿-斯综合征，甚至死亡；对血液系统损害可出现白细胞减少、粒细胞减少、血小板减少、再障等；妊娠期妇女服用可导致小儿先天性耳聋、智力迟钝、脑积水、四肢缺陷等，因此孕妇严禁使用。