Hp是胃内最为人所知的一种微生物，却绝对不是唯一的一种。目前，只有少数研究通过分子生物学方法（如 16S rDNA 测序分析）对胃内微生物群的组成进行了探索。2012年Delgado等首次同时采用分离培养和分子生物学方法对健康人群胃黏膜及胃液标本的微生物群组成（细菌）进行分析，并与鼻腔、口腔、咽喉部及粪便微生物组成进行了对比研究，最终分离培养及焦磷酸测序结果均提示链球菌属、丙酸菌属、乳杆菌属属于胃内的主要细菌属类，各腔道微生物群经16SrDNA测序分析绘制散点图 ，其较为清晰直观地显示出口腔和咽喉部微生物群组成虽与胃微生物群组成在遗传信息方面相近但似乎还是有本质上的区别。因此，胃微生物群应是由定植菌组成而不是来源于上部器官微生物的移位。

目前，关于胃微生物群组成的研究资料越来越多，就目前的研究结果来看，健康人群的胃微生物群组成丰富，但个体差异较大，健康状态下胃内微生物群的主要门类有变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门以及放线菌门等，而胃内最常被发现的细菌属类是链球菌属。

目前已有研究在不同的胃病中观察到了人类胃微生物群的改变，包括那些作为Hp胃炎的并发症而出现的改变。胃是阻止微生物经口进人人体的强大屏障，健康状态胃内pH低时，胃酸虽然不能杀灭所有的胃内微生物，但可以抑制胃内微生物的生长繁殖。而当Hp的定植侵及胃体导致以胃体为主的萎缩性胃炎出现时，胃酸的分泌水平下降，胃内酸度提高，这将利于各种微生物的生长繁殖。研究显示，胃内微生物密度及亚硝酸盐和N—亚硝胺浓度增加与胃内pH升高显著相关。

目前，关于萎缩性胃炎患者胃内微生物群模式的资料还很稀有。我国有研究报道，更低的胃微生物菌属数量与更低的血清胃蛋白酶原（PG）I /PG II比值和食管鳞状上皮异型增生显著相关。此外，在萎缩性胃炎患者中，有研究观察到了胃内主要微生物群从普氏菌属向链球菌属的转变。因此，可以进一步猜测：Hp也许是主要的，但并不是唯一的导致各种胃疾病发生的微生物因素；除Hp外可能还有其他的微生物在Hp胃炎并发症的发生中扮演着重要的角色。

抗菌药物的应用（以抗菌药物为基础，而且常为多种抗菌药联合应用的Hp根除治疗自然也不例外）可损害人体内的微生态平衡，使体内微生物群落发生不同程度的改变。鼠模型实验和人体实验结果显示，抗菌药物的使用会改变胃肠道微生物群的数量、种类和组成?？咕┪锵喙匚⑸锶核鸷梢缘贾滦矶嗟牧俅脖硐帧Ｓ肟咕┪锵喙氐淖畛＜南啦涣挤从Πǜ剐?、恶心、呕吐、腹胀和腹痛等，这些不良反应可使部分患者不能耐受而中止治疗，从而导致治疗的失败，甚至使Hp产生选择性耐药。另外，各种抗菌药物（尤其是克林霉素、氟喹诺酮类、三代头孢菌素、青霉素类等）的应用是机体发生艰难梭菌感染的主要危险因素之一，而艰难梭菌感染是威胁全球公共健康、导致额外疾病和医疗费用增加的重要原因。

除了上述消化道不良反应等短期的临床后果，Hp根除治疗所诱发的胃肠道微生物群损害还可能对患者产生一些长期的不良影响。鼠模型实验和人体实验结果显示，抗菌药物诱发的肠道微生物群改变可能会在抗感染治疗结束后仍长期持续存在，从而导致一些长期的临床后果。动物模型实验结果提示，童年时期抗菌药物诱发的肠道微生物群损害可长期持久（可持续至成年后）地影响该个体的新陈代谢和体重（超重或体重过轻），以及影响该个体肠道免疫调节相关基因的表达。一些流行病学调查研究亦显示，早期抗菌药物暴露与远期体重和脂肪增加的风险上升之间存在着正相关。

另有研究表明，氟喹诺酮类药物治疗史（含喹诺酮类药物的Hp根除治疗应也不例外）是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（M RS$）和产超广谱p—内酰胺酶（ESBL）的大肠埃希菌或肺炎克雷伯菌相关感染出现的危险因素。

综上所述，人类胃内定植微生物群的组成及其与Hp相关疾病的潜在联系尚需更多设计良好，采用先进、精确检测技术的大样本高质量研究进一步予以阐明。而对于不同的Hp根除方案对胃肠道微生物群的确切影响，目前亦缺乏充足、可靠的研究资料将其予以阐述清晰，故此，大规模的Hp根除计划最好是通过设计良好的临床研究予以实施，在这些研究中，组织者不仅可以评价相关根除方案的疗效，还可以探究根除治疗对胃肠道微生物群的影响，同时其他潜在的不良事件和处理根除治疗对胃肠道微生物群影响的方法亦可以在这些研究中进行探索。